落魄医学生秦阳，曾以“治病救人”为信念踏入医院，却因拒绝为权贵亲属违规开药，被扣上“职业操守违规”的帽子，逐出医学界，一夜之间，他从天之骄子沦为街坊口中的“庸医”，靠摆地摊贴补生计，在现实的重压下几乎埋藏了白大褂的梦想。
一个暴雨倾盆的深夜，他在旧货市场淘得一本泛黄的《药神经》，指尖触碰到封面古朴药葫芦图案的刹那，脑海中轰然炸响——三千年前的药神传承，竟跨越时空，与他的灵魂绑定！传承入体的瞬间，《黄帝内经》的奥义、《神农本草经》的药性、失传的“九转还魂针”与“丹火炼术”如潮水般涌入意识。
颤抖着按古方抓来三味普通草药，熬成一碗黑乎乎的汤药，本想给隔壁巷咳血的老叟试药，却见老人服下后面色从灰败转为红润，连咳半月的顽疾当场止息，恰巧路过的记者拍下这一幕，“一碗汤药救活绝症老人”的视频疯传网络，秦阳的名字从“庸医”一夜之间变成“活菩萨”。
他在城中村租下小院，挂上“杏林草堂”的招牌，专接医院束手无策的疑难杂症：用“银针渡穴”让瘫痪十年的舞蹈演员重新站上舞台，以“药浴熏蒸”令失明八载的老人重见孙儿的笑脸，更将传统针灸与现代心肺复苏结合，从死神手中抢回心脏骤停的孕妇，诊所门庭若市，却也触动了利益蛋糕——掌控全市医药市场的“康泰集团”，先派假患者诬陷“庸医误诊”，又联合网红散布“神医是骗子”的谣言，更以天价收购药方，企图将他的医术变成资本工具。
舆论漩涡中，中医世家传人苏雨晴举着“伪科学害人”的标语在他诊所外抗议，却在亲眼见证他用“内劲推拿”治愈肌肉萎缩的患儿后，态度从质疑到动摇，再到坚定，两人一者有传承之术，一者有家学底蕴，联手破解康泰集团的层层陷阱，突发疫情中，秦阳以传承中的“避瘟香方”和“免疫汤剂”，结合现代流行病学研制出预防药剂，拯救整座城市百姓。
当国际医学组织因“西药耐药性”全球求援，当古老中医在现代医学质疑中步履维艰，秦阳深知，药神传承给他的从来不只是治病救人的能力，更是让东方智慧重光的责任，他站在国际医学峰会讲台上，用鲜活病例证明：中医不是玄学，是流淌在血脉中的生命哲学，而属于他的传奇，才刚刚开始……
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