《小小医神》的故事始于烟雨氤氲的江南水乡，青石板路蜿蜒，药香萦绕着镇口“郭氏药铺”的飞檐，少年郭浩铭是药铺老板之子，自幼在草药香中长大，跟着父亲识得几味寻常药草，只会用祖传小方子给街坊调理身体，日子平淡安稳，他未曾想过，“医神”这样遥不可及的名号，会因一次意外，在他平静的生活里激起千层浪。
那年盛夏，邻村富商突发急症，面色青紫、气若游丝，郎中们围着药箱束手无策，药铺外挤满焦躁村民，郭浩铭被父亲推着上前，情急之下想起父亲教过的“艾灸急救法”——三壮艾灸置于气海穴，以温热救回垂绝之气，这本是死马当活马医的笨办法，竟让富商喘息渐稳，村民们炸开了锅：“银针渡厄、药到病除，这是活脱脱的小神医啊！”“小小医神”的名号不胫而走，像藤蔓般缠上了郭浩铭。
从此，郭氏药铺门槛被踏破，邻村患“怪痛”的樵夫、误食毒菇高烧不退的孩童、因“祖传秘方”争得面红耳赤的邻里、远道求治时疫的商队……无论大病小痛，甚至鸡毛蒜皮的口角，都有人提着篮子、揣着鸡蛋来找他“问诊”，郭浩铭哭笑不得，却因不忍看乡亲失望，只能硬着头皮应付，他毕竟只是个半吊子，常把“当归”认成“独活”，将“清热解毒”的方子用在虚寒病人身上，闹出笑话，连父亲都摇头：“这‘神医’怕是要毁在你手里。”
就在他焦头烂额时，镇上“济世堂”掌事独女杨添羽出现了，她自幼随父埋首医书，精通药理，更有一颗悲悯心，见郭浩铭被“医神”之名所累，像个陀螺似的被众人围着转，便主动提出帮他“打理医局”：“你负责‘神迹’，我负责‘不翻车’。”一个想低调却被硬推上“神坛”，一个想澄清真相却不得不配合这场“戏”，两个少年开始了啼笑皆非的合作。
他们钻深山寻草药，为樵夫找到缓解“怪痛”的乌头根；连夜熬解毒汤，从死神手里抢回误食毒菇的孩童；用“医者看的是病，不是人心”化解邻里积怨；在简陋药棚里熬红双眼，为商队诊治时疫，一次次“治病救人”中，郭浩铭在杨添羽指导下，从认错草药到精准配伍，从手忙脚乱到从容镇定，更懂得了“医者仁心”是对生命的敬畏与守护，而杨添羽也发现，这个看似笨拙的少年，藏着最纯粹的善良——他会为没钱抓药的老人偷偷垫付药费，会冒雨给孤寡老人送汤药，那份“半吊子”背后的坚韧与担当，让她悄然动心。
可“小小医神”的名号越传越远，背后却藏着更深的暗流：有人借“医神”之名兜售假药牟利，有人想利用传说掩盖多年旧案，郭浩铭和杨添羽在应对离奇求诊的同时，抽丝剥茧探寻“医神”传说的起源，发现所谓“神迹”，不过是前人医术智慧与人性光辉；而尘封往事里，藏着比“神医”更重要的东西——对生命的敬畏与守护。
波折中，两人情愫悄然生长，他们不仅揭开秘密，更找到方向：郭浩铭不再是名号束缚的“小神医”，而是真正懂“医者仁心”的少年郎中；杨添羽放下“济世堂”掌事独女的身份，与他共开小小医馆，守护江南安宁，原来，“神医”从不在于名号，而在于那颗始终向善、守护生命的心。
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